El comité está compuesto por representantes del Gobierno Regional de Moquegua, municipalidades provinciales, sociedad civil, comunidades locales, la empresa Anglo American y el Gobierno Central. Su funcionamiento se basa en sesiones periódicas donde se evalúa el avance de los compromisos y se discuten temas relevantes para la región. Sin embargo, ha habido críticas sobre la frecuencia de las reuniones y la participación efectiva de todos los actores involucrados.
A su vez, el CMQ está dividido en 02 Subgrupos de trabajo y una Secretaría Técnica:
- El Subgrupo Impulsor
- El Subgrupo Ambiental
- Secretaría técnica PCM